Vzhledem k zastaralosti systému, který vznikl se zřízením zákona č. 269/1994 Sb., o Rejstříku trestů v 90. letech, kdy se nepočítalo s kompletní elektronizací administrativy jako takové, se navrhuje zrušení Rejstříku trestů návrhem zákona.
Rejstřík trestů je jednou z organizačních složek státu. Jeho úkolem je vedení a poskytování informací ze dvou svých evidencí, a to z evidence fyzických a právnických osob pravomocně odsouzených soudy v trestním řízení, která zahrnuje i evidenci jiných významných skutečností pro trestní řízení, o kterých tak stanoví zákon o Rejstříku trestů nebo jiný zákon (evidence Rejstříku trestů), a evidence fyzických a právnických osob, které byly pravomocně uznány vinnými spácháním přestupku, pokud tak stanoví zvláštní právní předpis, a osob uvedených v § 4 odst. 5 zákona o odpovědnosti za přestupky a řízení o nich, které byly pravomocně uznány vinnými spácháním jednání majícího znaky takového přestupku (tzv. evidence přestupků). V době přijetí zákona o Rejstříku trestů představovalo vedení evidence odsouzení rozsáhlou listinnou agendu, která byla zabezpečována Rejstříkem trestů s několika územními pobočkami – zřízení úřadu, který se bude věnovat výlučně správě této evidence, tak bylo ve své době odůvodnitelné. S ohledem na elektronizaci celé agendy je toto ale již překonáno; evidence trestů a evidence vybraných přestupků tak představují zřejmě jediné evidence, které jsou spravovány samostatnou organizační složkou státu, která se věnuje výlučně vedení evidencí. Plánovaná implementace Rejstříku trestů do struktury Ministerstva spravedlnosti vychází z požadavku na racionalizaci státní správy. Věcná agenda Rejstříku trestů by byla zachována v rámci organizační struktury Ministerstva spravedlnosti, přičemž dojde k zefektivnění jeho řízení.
Další navrhovanou změnou je sjednocení rozdílného přístupu k občanům ČR a občanům EU či Spojeného království, neboť současný proces zaznamenávání údajů o odsouzeních soudy není odůvodnitelný a postupy ukládání a získávání informací takového druhu by měly být pro všechny stejné.